Діяльність відомства внутрішньої безпеки, яке здійснює контррозвідувальну, оперативно-розшукову діяльність, характеризуючись високою мірою конспіративності та можливістю обмеження конституційних прав осіб, спрямована на забезпечення державної безпеки та реалізацію національних інтересів. Відтак, маючи важливе значення для реалізації національних інтересів та передбачаючи суперечність між приватністю та результатом у своїй роботі, діяльність відомства потребує відповідного контролю.
Судовий контроль. Обмеження прав осіб у контррозвідувальній та оперативно-розшуковій діяльності опосередковується необхідністю отримання дозволу судді, або забороною за його відсутністю. Однак цей вид контролю є точковим і здійснюється виключно у випадку звернення співробітників відомства, що однак дозволяє залишати білі плями у його роботі.
Прокурорський нагляд. Згідно Конституції прокуратура здійснює нагляд за дотриманням прав осіб при проведенні негласних, слідчих, розшукових дій органів правопорядку. Нагляд за додержанням законів під час проведення контррозвідувальної діяльності здійснюється Генеральним прокурором, виконувачем його обов’язків або уповноваженими наказом Генерального прокурора заступниками Генерального прокурора. Нагляд за оперативно-розшуковою діяльністю, що складає ширше коло питань, здійснюють прокурори усіх рівнів прокуратури щодо піднаглядних оперативних підрозділів. Однак говорити про достатність прокурорського нагляду саме за контррозвідувальною діяльністю не видається можливим через відмінну специфіку роботи та обмеженнями конспіративності. Адже органи прокуратури не спеціалізуються на забезпеченні національної безпеки.
Президентський контроль. Контроль Президента за СБУ, безпосередній чи через уповноважену особу є неконституційним. Більше того такий контроль має очевидний конфлікт інтересу, оскільки СБУ підпорядковується Президенту, який має значний обсяг повноважень по відношенню до відомства (див. Деполітизація). Таким чином підміняється зміст контролю та порушується принцип стримування та противаги.
Парламентський контроль. Сьогодні він відсутній у тому вигляді в якому має бути. Оскільки отримання щорічного звіту від СБУ та виступ голови відомства з трибуни не відповідає потребам контролю до його діяльністю. Ситуацію має і може вирішити реформа, шляхом зосередження контрольних повноважень між Президент – Верховна Рада в останньої та визначення законом достатнього обсягу її повноважень разом з обов’язками СБУ.
Здійснювати контроль за спецслужбою увесь склад Верховної Ради безумовно не може і не повинен в цілях безпеки і конфіденційності. Оскільки робота з особливо секретними відомостями потребує спеціального доступу, натомість створюватиме ризики їх витоку. Оптимальним варіантом, виправданим практикою інших демократичних країн, є покладення цих повноважень на профільний парламентський комітет, членами якого зможуть стати достатньо компетентні депутати, що зможуть пройти перевірку на доступ до секретної інформації та зберігати її у таємниці.
Обсяг повноважень профільного комітету Верховної Ради має включати можливість з розгорнутим обсягом відомостей, що слугує щорічним звітам СБУ включно з загальною по відомству статистикою щодо контррозвідувальних, оперативно-розшуковим справам, отриманих санкцій суду, повідомлень про недоброчесність співробітників до підрозділу внутрішньої безпеки тощо. Своєю чергою реальність контролю має забезпечуватися можливими санкціями, оптимальним виразом якої, у випадку виявлення незадовільної роботи голови та/чи відомства, має бути можливість ініціювання профільним комітетом перед Верховною Радою питання про звільнення керівництва СБУ.